Een godsdienstoorlog is een gewapend conflict, waarbij godsdienstige motieven een belangrijke rol spelen. Het kunnen conflicten zijn tussen twee verschillende religies. Denk daarbij bijvoorbeeld aan christenen en moslims. Maar ook door verschillende stromingen binnen één religie kunnen er conflicten ontstaan. Zo kwamen binnen de islam sjiieten en soennieten regelmatig in een gewapend conflict tegenover elkaar te staan.
Godsdienstoorlogen zijn er niet van vandaag of gisteren. In de tijd van de oude Grieken waren er zeker vier godsdienstoorlogen. Tussen 595 en 346 voor Christus werden die heilige oorlogen uitgevochten. Dit kwam omdat mensen of staten het bijvoorbeeld hadden gewaagd heiligschennis te plegen jegens de god Apollo. Een ander voorbeeld uit de Oudheid is de strijd tussen de Romeinen en het oude joodse volk. Ook in de Bijbel staan al dan niet waar gebeurde godsdienstoorlogen beschreven.
In de vroege Middeleeuwen (6e tot 10e eeuw) zien we de opkomst van de islam. Deze religie kent de jihad, de strijd tegen de ‘ongelovigen’. Die kan door discussies of gewapenderhand worden gevoerd. De jihad wordt in de koran, het heilige geschrift van de islam, beschreven. Maar ook het christendom verbreidde zich steeds verder over met name Europa.
Tussen de 11de en de 16e eeuw, de late Middeleeuwen, waren er de Kruistochten. Die hadden als doel het Heilige Land te bevrijden. Dat was ongeveer wat nu het grondgebied van Israël is met enige gebieden er omheen. De kruistochten waren vooral bedoeld om daar het christendom te verbreiden en er de islam te verdrijven. Maar er zijn ook Kruistochten tegen joden geweest.
Vanaf de 16de eeuw ontstonden er ingrijpende scheuringen binnen het christendom. De belangrijkste hiervan was de afsplitsing van het protestantisme, dat zich losmaakte van het katholicisme. Daar vloeiden de Europese godsdienstoorlogen uit voort, ook wel reformatieoorlogen genoemd. Na die oorlogen zijn er binnen het protestantisme talloze vertakkingen ontstaan.
In de eeuwen die volgen waren er nog meerdere oorlogen en interne conflicten tussen verschillende stromingen binnen het christendom.
Tot op de dag van vandaag zijn er godsdienstoorlogen of gewapende conflicten waarbij religieuze motieven spelen. Een daarvan is het conflict in Kasjmir. Daarbij speelt de vraag of het gebied bij het islamitische Pakistan of bij het voornamelijk hindoeïstische India moet horen. Maar ook het conflict dat Israël al vanaf haar soevereiniteit heeft met de Palestijnen en allerlei Arabische landen heeft veel weg van een godsdienstoorlog. De islam en het jodendom staan hier tegenover elkaar.