In augustus 2003 begonnen twee rebellengroepen te vechten tegen het leger van Soedan. Dat waren de Beweging voor Rechtvaardigheid en Gelijkheid JEM en de Soedanese Bevrijdingsleger SLA. Die vonden dat de bewoners van Darfur die niet van arabische afstaming waren, werden achtergesteld door de regering. Om de opstand te onderdrukken, riep al-Bashir de hulp in van de Janjaweed, een Arabishe beweging van uitra-orthodoxe moslims. Deze groep pleegde de rest van 2003 en 2004 massamoorden in dorpen van de opstandelingen en staken die dorpen in brand. Dat gebeurde op een dermate grote schaal en bovendien als middel om aan ethnic cleansing te doen dat waarnemers en onderzoekers spraken van genocide. Zo haalde de oorlog in Darfur het wereldnieuws. De Verenigde Naties kwamen in actie om aan deze oorlog een einde te maken.
In 2004 en 2005 lieten de Verenigde Naties uitzoeken of er inderdaad sprake is geweest van genocide in Darfur en van andere misdaden die het werkterrein zijn van het ICC. Dat onderzoek wees uit dat dit inderdaad het geval is geweest en dat al-Bashir hier mede schuldig aan is. Daarom werd in 2008 een arrestatiebevel uitgevaardigd tegen al-Bashir.
Tot arrestatie kwam het niet want zolang hij in Soedan bleef dat het Statuut van Rome uit 2002 ter oprichting vn het ICC had opgezegd en alleen naar landen reisde die dat Statuut niet hadden getekend, hoefde hij niet te vrezen voor arrestatie.