In Nederland vervolgt de Spaanse landvoogd Alva in opdracht van zijn koning Filips II op bloedige wijze de protestanten. In Parijs worden in 1572 in één nacht tijd 30.000 protestanten vermoord, in de Bartholomeusnacht.

De vervolgingen leiden tot de Dertigjarige Oorlog in Duitsland (1618-1648) en de Tachtigjarige Oorlog in Nederland (1568-1648). Tijdens deze oorlog, die eigenlijk al in 1566 begint met een opstand (de Beeldenstorm), wordt Nederland onafhankelijk van het rooms-katholieke Spanje. Tot halverwege de 20e eeuw bepalen geloof en kerk bij christenen het dagelijkse leven. Vanaf omstreeks 1950 houden steeds meer christenen op te praktiseren (= hun geloof in praktijk brengen).

De redenen hiervoor zijn divers: de geloofsregels zijn te streng, de kerk is te onverdraagzaam naar andere groepen christenen en niet-christenen, of ze volgen liever hun eigen geweten dan de boodschap van de kerk. De kerken proberen deze trend te keren. De rooms-katholieke kerk roept het Tweede Vaticaanse Concilie bijeen. Dit concilie is een vergadering van kardinalen en bisschoppen, van 1962 tot 1965.

Het concilie laat nagaan waarom steeds minder mensen zich aangesproken voelen door de boodschap van de kerk. Stijgende welvaart en betere scholing zijn mogelijke oorzaken. Het Concilie stelt voor om meer verdraagzaam te zijn jegens andere godsdienstige groepen. Ook zouden mensen meer een beroep mogen doen op hun eigen geweten. Ook moeten kerkdiensten voor gelovigen toegankelijker worden. Tot dan toe wordt vooral Latijn gebruikt; alleen de lezingen en de preek zijn in de taal van het land waar de dienst gehouden wordt. Na het Concilie wordt voor de hele dienst steeds meer de taal van het land gebruikt.